过滤机的漏水问题一般会出现在过滤器的传动轴部分，出现这种问题可能有两种原因：一是传动轴密封圈材质或规格不符合要求，因此更换符合要求的密封圈就行；二是密封圈经过长时间运行出现磨损，引起传动轴和过滤器本体间密封不严而出现漏水，像这种情况更换相应规格的密封圈就可以解决问题。
可能过滤机在使用较长的一段时间后会出现自动排污阀故障，具体表现为过滤器的自动清洗时排污阀不动作或排污阀打不开一直关闭不了，出现这种问题的过滤机的生产厂商一般是选用国产的电磁阀作为排污阀使用，这种电磁阀为先导式，先由电磁铁打开先导孔，然后依靠系统内水的压力冲开隔膜开启阀门。由于排污水中含有许多杂质，非常容易堵住先导孔，造成电磁阀不动作或打开后关闭不严。如果选用电动球阀或水力电磁阀作为排污阀就能完全解决普通电磁阀作为过滤机自动排污阀容易出故障的问题。
也许在使用自动排污过滤器的过程中会发现过滤机启动频繁引起清洗水量增加，过滤器寿命缩短的问题，出现这个问题都是由过滤器的自控系统出现故障或参数设置引起的。这里面主要是差压控制器的清洗差压和清洗时间的设置问题。过滤机清洗系统启动频繁一般可能通过设置更大的差压范围或调整控制系统的清洗时间来解决。
