硅藻土在开采后一般需要进行加工，采用重力选矿法，除去其中泥沙、碎屑及铁、铝等杂质，使硅藻富集。重力选矿又分为干式和湿式两种，干式分选是采用空气分离机等除掉脉石，或采用旋转式干燥机除掉有机物、易挥发物和水分，主要用于高品位矿石；湿式分选是采用水力旋流器等除掉密度较大的脉石杂质，主要用于低品位矿。选矿后直接应用的产品就是非煅烧硅藻土。
选矿后进一步加工送回转窑煅烧（加助熔剂或不加助熔剂）、磨矿冷却、分选分级，就是煅烧的硅藻土，一般用于助滤剂产品。
加入碳酸钠和氯化钠助溶剂经高温煅烧，能够去除粘土类杂质，有一定扩孔作用，且有改色作用，使粉体白度提高，但高温条件下无定醒SiO2能近乎转成方石英，钠盐对硅藻土中SiO2的结构有破坏作用，很容易使硅藻孔壁坍塌，硅藻表面多数孔洞因熔融而被堵死，硅藻形貌破坏。
对于硅藻泥选用的硅藻土而言，直接经过物理选矿、清洗等得到硅藻土，可能白度相对低一点，表面活性可能高一点。但是经过适当温度和适当条件处理也可以增加其活性，然而煅烧温度过高会使表面活性位消失、比表面积减小，不易用作硅藻泥的原材料，在100℃以下处理可以脱掉物理吸附水，在100℃～500℃可以脱掉表面羟基水和吸附的有机物。所以，以是否煅烧来判断其是否合适作为硅藻泥的原材料有点片面。是否适合作为硅藻泥的原材料应看其白度、比表面积、孔径分布、表面活性等因素。
